Bioinformática@Brasil

No desenvolvimento de soluções para problemas na bioinformática são utilizados diversos algoritmos e estruturas de dados, podendo citar: as tabelas hash, árvores e comparações de seqüências.
O conhecimento do funcionamento destes algoritmos e estruturas de dados se faz necessário para se fazer a melhor escolha para o uso ou implementação deles.

O livro Introduction to Algorithms, é uma coletância dos principais algoritmos existentes, com uma explicação sobre cada um deles.

Caso deseje conhecer o conteúdo do livro e suas notas de aula, recomendo a leitura das suas notas de aula.

Criado e mantida por um dos principais autores e pesquisadores da Área, Joe Felsenstein, o pacote PHYLIP é um conjunto de softwares para estudos de filogenias.

Este software é recomendado a todos os interessados na área de filogenias, desde os usuários finais dele até estudantes que pretendem aprender como funcionam seus algoritmos.

Essa página contém uma série de .pdf's e textos sobre Linux, e configuração dos mais diversos aspectos do mesmo. Vale a pena dar uma olhada, tanto os usuários avançados quanto os iniciantes.

Bom proveito :)

O projeto BioJava visa a criação de uma biblioca para a linguagem Java com as principais operacionalidades necessárioas na bioinformática, como a operação com formatos de arquivos, armazenamento de seqüências e alinhamentos, criação de alinhamentos e invocação de outros softwares.

Na página há tutorial, livros de receitas e também listas de discução.

Se gostas da linguagem java, recomendo utilizar a biblioteca BioJava para trabalhos em bioinformática.

A empresa Scalable Informatics lançou o Scalable HMMer, versão que segundo a empresa promete ser 1.6 a 2.5 vezes mais rápida que o HMMer tradicional. Quem já utilizou Hidden Markov Models reconhece sua utilidade na busca de seqüências similares, mas também há de reconhecer que existe um custo computacional respeitável a ser contabilizado. Só resta aos interessados testá-lo ;)

O download do fonte e dos binários encontra-se aqui.

Foi anunciado hoje na página do Wellcome Trust Sanger a finalização do sequenciamento do cromossomo 1 do genoma humano.

A principal curiosidade, é que foi verificado que o genoma humano não começa com "G", ou seja, a primeira base não é "G", mas sim "C".

Segundo publicado, mais que 5% deste cromossomo é duplicado e pode prover material para evolução de novas funções. Ou seja, o próprio genoma provê métodos para a sua evolução.

Para ler o anúncio completo,

Este curso de online é oferecido pela Universidade de Israel. É constantemente atualizado, e faz parte de um curso presencial, oferecido na Universidade de Rehovot.

Clique aqui

Um tutorial explicando uma técnica para encontrar regiões codificantes através do bias dos códons.
Bem interessante e boa introdução a linguagem perl.

Leia este tutorial: aqui.

Leia os outros tutoriais do mesmo curso em http://genome.imim.es/courses/Madrid04/.