Bioinformática@Brasil

Uma introdução sobre as técnicas de comparação de seqüências genéticas.

Abrange principalmente as técnicas com matrizes de valores, alinhamentos globais e locais.
Também apresenta algoritmos para visualização de similaridades entre seqüências genéticas.
Recomendado para quem está iniciando na Bioinformática e pretende conhecer um pouco sobre as principais técnicas.

Este artigo introduz alguns princípios de análise filogenética passando pela análise de homolgia de seqüências, alinhamentos multiplos e reconstrução de árvores filogenéticas.

Recomendado para se iniciar no assunto de filogenética.

Este artigo descreve o algoritmo SSAHA (Sequence Search and Alignment by Hashing Algorithm) que serve para pesquisas rápidas em banco de dados de sequências genéticas que contem vários gigabytes de dados.
Ele funciona primeiramente criando hashs das todas as sequências e suas sub-sequencias (n-tuples) do banco e armazenando as posições destas.
Desta forma, quando haver uma pesquisa, ela será muito mais veloz, pois já será conhecida as posições das sub-sequencias.
Leitura recomendada principalmente a estudantes de ciências da computacão.

A Página do projeto SSHA é http://www.sanger.ac.uk/Software/analysis/SSAHA/

Neste artigo, Lassmann e Sonnhammer discorrem sobre a qualidade dos alinhamentos múltiplos, os fatores que os influenciam e propõem uma metodologia e uma ferramenta para avaliar a qualidade de alinhamentos múltiplos - denominada MUMSA. Esta ferramenta esta disponível aqui.