Bioinformática@Brasil

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INDICE

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FLUXOGRAMA
1- Diretório de execução (kineto 2): /home/kary1/douglas/profilephylo

2- Comando de execução: ./ profile_phylo.sh

* Este script chama outros programas:
compass_scop.sh;
run_compass.sh;
compass2paup_jk1.sh domains.NX bionj;

3- Resultados
outfile Árvore
domains.NX Matriz
domains.list Lista hits
4.- Tempo de execução:
acima de 20 seqüências aproximadamente 2 horas.
acima de 70 seqüências 3 – 4 dias.

PASSOS PRÉVIOS E REFERENCIAL

Neste trabalho Hulsen e colaboradores buscam avaliar a eficiência de diferentes metodologias de identificação de ortologias, através da validação dos ortólogos identificados com informações de genômica funcional.

A identificação de ortólogos tornou-se uma ferramente de uso corriqueiro na genômica comparativa e na anotação funcional de genes e genomas, devido a características particulares desta classe de homólogos.

Devido aos diversos avanços em Biotecnologia, atualmente existem um grande número de genomas completos, e um número crescente de projetos de sequenciamento em andamento. Acessar todo esse material a partir de um único ponto é interessante para estudos de genômica comparativa, por exemplo. Esse endereço fornece uma lista dos genomas já completos, e dos projetos em andamento, assim como uma série de outras informações relacionadas. Esse banco de dados recebeu uma nova versão atualmente, relatada no artigo abaixo.

Artigo publicado na Science sobre a comparacao genomica feita apos o sequenciamento do T.cruzi T. brucei e L. major.

Este artigo introduz alguns princípios de análise filogenética passando pela análise de homolgia de seqüências, alinhamentos multiplos e reconstrução de árvores filogenéticas.

Recomendado para se iniciar no assunto de filogenética.

Paper que fala dos "desertos" genomicos, ou regioes intergenicas

Neste artigo, Lassmann e Sonnhammer discorrem sobre a qualidade dos alinhamentos múltiplos, os fatores que os influenciam e propõem uma metodologia e uma ferramenta para avaliar a qualidade de alinhamentos múltiplos - denominada MUMSA. Esta ferramenta esta disponível aqui.

O artigo discorre sobre as taxas de evolução proteíca e propõe uma série de fatores que possuem maior influência sobre esse evento.

Um pequeno artigo de duas página que define sucintamente genes ortólogos, paralogos e sua sub-classificao

Artigo que descreve o método de reconstrução de árvores filogenéticas Neighbor-joining.

O artigo, sendo o que apresentou este método, descreve a utilização deste, que é um dos métodos mais utilizados na filogenética molecular.

O software NEIGHBOR do pacote PHYLIP o implementa.

Descreve a idéia de utilizar modelos estatísticos de famílias de proteínas para inferir a sua filogenia.

Artigo que que explica o funcionamento dos profiles de hidden Markov models e cita os principais softwares que o utiliza.

Tese de metrado do Yura Carvalho Ferreira na qual apresenta estratégias para paralelizar as pesquisas do mpiBLAST.