Bioinformática@Brasil

Artigo descrevendo como os cientistas rastreiam o RNA mitocôndrial para verificar onde as espécies surgiram e como se espalharam ao redor do mundo.

Pode ser lido aqui

Artigo publicado na Scientif American apresenta um conjunto de quinze respostas as principais indagações dos defensores do criacionismo sobre a teoria da evolução.

Perguntas do tipo: "Porque ainda existem macacos já que o homem evoluiu deles" ou afirmações: "A evolução não é ciência porque não pode ser testada" são respondidas.

O artigo pode ser lido em aqui.

A medida que a Bioinformática avança, um número ainda maior de informações biológicas são incorporadas às análises, assim como novos algoritmos são utilizados, necessitando assim, de cada vez mais poder computacional para realização das análises dentro de um tempo hábil. Uma das maneira de contornar tal gargalo é a utilização da computação distribuída, que visa distribuir processos entre diversas máquinas, dessa maneira diminuindo seu tempo de execução.

O tutorial abaixo trata da instalação do LAM-MPI em ambientes Linux. Façam bom proveito :)

Foi divulgado na página do Wellcome Trust Sanger Institute um estudo sobre o estudo dos genomas de bactérias que fazem a fixação do nitrogêncio.
Foi apresentada como pequenas difereças nos seu genomas, principalmente como a inclusão de plasmídeos, podem tornar bactérias inofensivas em seres patogenicos.

Neste trabalho Hulsen e colaboradores buscam avaliar a eficiência de diferentes metodologias de identificação de ortologias, através da validação dos ortólogos identificados com informações de genômica funcional.

A identificação de ortólogos tornou-se uma ferramente de uso corriqueiro na genômica comparativa e na anotação funcional de genes e genomas, devido a características particulares desta classe de homólogos.

Devido aos diversos avanços em Biotecnologia, atualmente existem um grande número de genomas completos, e um número crescente de projetos de sequenciamento em andamento. Acessar todo esse material a partir de um único ponto é interessante para estudos de genômica comparativa, por exemplo. Esse endereço fornece uma lista dos genomas já completos, e dos projetos em andamento, assim como uma série de outras informações relacionadas. Esse banco de dados recebeu uma nova versão atualmente, relatada no artigo abaixo.

Uma introdução sobre as técnicas de comparação de seqüências genéticas.

Abrange principalmente as técnicas com matrizes de valores, alinhamentos globais e locais.
Também apresenta algoritmos para visualização de similaridades entre seqüências genéticas.
Recomendado para quem está iniciando na Bioinformática e pretende conhecer um pouco sobre as principais técnicas.

Artigo publicado na Science sobre a comparacao genomica feita apos o sequenciamento do T.cruzi T. brucei e L. major.

Artigo que descreve a identificadas de grupos ortólogos em genomas eucarionates.
A identificação destes grupos é muito importante para análises filogenéticas.

O artigo pode ser acessado aqui.

Artigo que descreve a criação de uma banco de dados de seqüências ortólogas de 55 espécieis.
São apresentados as técnicas utilizadas para a criação deste banco e como utiliza-lo.
Recomendada a leitura para pesquisas em filogenias.

O artigo pode ser acessado aqui.

Este artigo introduz alguns princípios de análise filogenética passando pela análise de homolgia de seqüências, alinhamentos multiplos e reconstrução de árvores filogenéticas.

Recomendado para se iniciar no assunto de filogenética.

Este artigo descreve o algoritmo SSAHA (Sequence Search and Alignment by Hashing Algorithm) que serve para pesquisas rápidas em banco de dados de sequências genéticas que contem vários gigabytes de dados.
Ele funciona primeiramente criando hashs das todas as sequências e suas sub-sequencias (n-tuples) do banco e armazenando as posições destas.
Desta forma, quando haver uma pesquisa, ela será muito mais veloz, pois já será conhecida as posições das sub-sequencias.
Leitura recomendada principalmente a estudantes de ciências da computacão.

A Página do projeto SSHA é http://www.sanger.ac.uk/Software/analysis/SSAHA/

Paper que fala dos "desertos" genomicos, ou regioes intergenicas

O artigo "Desvendando o Código Genético: Um quebra-cabeça que começa a ser montado", descreve sobre o novo passo após o sequenciamento do genoma humano: descobrir como as proteínas funcionam, são reguladas, quais são os seus genes e suas estruturas.
Muito interessante o artigo pois apresenta os passos principais passos, como: os EST (Express Sequence Tags/Sequências que são expressas), da pesquisa de homólogos, de onde o gene esta e da análise da expressa gênica de forma direta.

Artigo que descreve o refatoramento do genoma de um vírus bacteriófago.
No artigo é descurito os motivos, que são entre eles, facilitar o estudo do genoma e as consequências diretas no funcionamento deste genoma.

Muito interessante a idéia do refatoramento de genomas e suas possíveis consequências em nosso mundo.

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