Bioinformática@Brasil

A Editora Duetto, a que publica a Scientific American no Brasil, lançou uma edição especial sobre o Genoma.
Ela possui informações principalmente sobre o genoma, genes, doenças genéticas e sobre o envelhecimento.
As matérias são bem ilustradas e escritas e não tratam do tema superficialmente, mas usando uma abordagem mais profunda, conhecida pelos leitores da Scientific American.

A capa da revista:

E para mais informações, clique aqui.

No desenvolvimento de soluções para problemas na bioinformática são utilizados diversos algoritmos e estruturas de dados, podendo citar: as tabelas hash, árvores e comparações de seqüências.
O conhecimento do funcionamento destes algoritmos e estruturas de dados se faz necessário para se fazer a melhor escolha para o uso ou implementação deles.

O livro Introduction to Algorithms, é uma coletância dos principais algoritmos existentes, com uma explicação sobre cada um deles.

Caso deseje conhecer o conteúdo do livro e suas notas de aula, recomendo a leitura das suas notas de aula.

Artigo descrevendo como os cientistas rastreiam o RNA mitocôndrial para verificar onde as espécies surgiram e como se espalharam ao redor do mundo.

Pode ser lido aqui

Artigo publicado na Scientif American apresenta um conjunto de quinze respostas as principais indagações dos defensores do criacionismo sobre a teoria da evolução.

Perguntas do tipo: "Porque ainda existem macacos já que o homem evoluiu deles" ou afirmações: "A evolução não é ciência porque não pode ser testada" são respondidas.

O artigo pode ser lido em aqui.

Dois livros indicados para os iniciantes na Bioinformática são: Developing Bioinformatics Computer Skills e Beginning Perl for Bioinformatics.

Ambos livros são publicados pela editora O'Reilly, na qual é muito conhecida e conceituada.

Ela disponibiliza o primeiro capítulo do livro Developing Bioinformatics Computer Skills neste endereço e o décimo capítulo do livro Beginning Perl for Bioinformatics neste endereço.

Divulgado na BBC: Cientistas britânicos e americanos acreditam poder modificar geneticamente uma bactéria que afeta o mosquito da malária para impedir os insetos de espalharem a doença.

A medida que a Bioinformática avança, um número ainda maior de informações biológicas são incorporadas às análises, assim como novos algoritmos são utilizados, necessitando assim, de cada vez mais poder computacional para realização das análises dentro de um tempo hábil. Uma das maneira de contornar tal gargalo é a utilização da computação distribuída, que visa distribuir processos entre diversas máquinas, dessa maneira diminuindo seu tempo de execução.

O tutorial abaixo trata da instalação do LAM-MPI em ambientes Linux. Façam bom proveito :)

A bioinformática é formada pela genética molecular, computação e matemática.
Na minha opinião, a parte mais complicada de aprender é são as questões e provas matemáticas.

Baseado nisto, pesquisei na internet algumas páginas sobre cálculo e questões do genero, e separei três e-books disponíveis livremente.

Criado e mantida por um dos principais autores e pesquisadores da Área, Joe Felsenstein, o pacote PHYLIP é um conjunto de softwares para estudos de filogenias.

Este software é recomendado a todos os interessados na área de filogenias, desde os usuários finais dele até estudantes que pretendem aprender como funcionam seus algoritmos.

Foi divulgado na página do Wellcome Trust Sanger Institute um estudo sobre o estudo dos genomas de bactérias que fazem a fixação do nitrogêncio.
Foi apresentada como pequenas difereças nos seu genomas, principalmente como a inclusão de plasmídeos, podem tornar bactérias inofensivas em seres patogenicos.

Uma classe em Python que escrevi que executa o compass e le os valores do alinhamento de duas sequencias.
Tabém bem útil para quem quer começar a estudar a linguagem python.

Uma introdução sobre as técnicas de comparação de seqüências genéticas.

Abrange principalmente as técnicas com matrizes de valores, alinhamentos globais e locais.
Também apresenta algoritmos para visualização de similaridades entre seqüências genéticas.
Recomendado para quem está iniciando na Bioinformática e pretende conhecer um pouco sobre as principais técnicas.

Livro com referência completa do padrão MPI.
Este livro é disponibilidade publicamente aqui.
O único problema é que cobre a versão 1.1 do MPI e não a última 2.0.

Para quem não tem um leitor postscript, coloquei em anexo uma versão em pdf que eu converti.

Artigo que descreve a identificadas de grupos ortólogos em genomas eucarionates.
A identificação destes grupos é muito importante para análises filogenéticas.

O artigo pode ser acessado aqui.

Artigo que descreve a criação de uma banco de dados de seqüências ortólogas de 55 espécieis.
São apresentados as técnicas utilizadas para a criação deste banco e como utiliza-lo.
Recomendada a leitura para pesquisas em filogenias.

O artigo pode ser acessado aqui.